| Tez Türü | Doktora |
| Ülke | Türkiye |
| Kurum/Üniversite | Kafkas Üniversitesi |
| Enstitü | Sağlık Bilimleri Enstitüsü |
| Anabilimdalı | Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı |
| Tez Onay Yılı | 2025 |
| Öğrenci Adı ve Soyadı | Eray BÜYÜK |
| Tez Danışmanı | PROF. DR. ÖZGÜR ÇELEBİ |
| Türkçe Özet | Bu çalışma, Kars ilinde kazeöz lenfadenitli (KLA) koyunlardan alınan apse örneklerinde Corynebacterium pseudotuberculosis'in izolasyonu, identifikasyonu, moleküler karakterizasyonu ve antibiyotik duyarlılığının belirlenmesini amaçlamıştır. Kars merkez ve 5 ilçesine ait 18 köy ve 96 işletmeden alınan toplam 105 apse örneğinin 95 (%90,48)'inde kültür pozitifliği saptanmış ve fenotipik testlerle (mikroskobik morfoloji, katalaz, üreaz, nitrat indirgeme ve reverse CAMP testleri) 70'i (%66,67) Corynebacterium pseudotuberculosis olarak tanımlanmıştır. 16S rRNA, pld ve rpoB genlerini hedefleyen multipleks PCR ile bu izolattan 47 (%67,14)'si C. pseudotuberculosis olarak konfirme edilmiştir. KLA olgularından C. pseudotuberculosis'in moleküler prevalansı böylece %44,76 (47/105) olarak saptanmıştır. narG spesifik PCR analiz ile gerçekleştirilen biyovar tayininde, bu genin olmayışı ile tüm (n= 47) izolatlar C. pseudotuberculosis biyovar ovis olarak belirlenmiştir. C. pseudotuberculosis saha izolatları arasında FagA, FagB ve FagC virülans gen pozitifliği %100, FagD gen pozitfiliği %48,94 ve PIP gen pozitifliği %25,53 olarak saptanmıştır. C. pseudotuberculosis izolatlarının disk difüzyon yöntemiyle analizi sonucu rifampisin (%6,38) ve tetrasikline (%6,38) direnci düşük belirlenirken, E-test ile yapılan MİK analizlerinde yalnızca bir izolatta hem penisilin hem rifampisine karşı direnç tespit edilmiştir. Moleküler karakterizasyon kapsamında, farklı koyunculuk işletmelerinden seçilen 10 izolatın 16S rRNA gen sekans analizi yapılmış ve filogenetik analizde tüm izolatların C. pseudotuberculosis tür kompleksine ait olduğu doğrulanmıştır. İzolatların uluslararası veri tabanlarındaki referans suşlarla %97,45–99,85 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Bu veriler, Kars İlinde koyun KLA olgularından elde edilen C. pseudotuberculosis suşlarının genetik ve fenotipik çeşitliliğine dair önemli bilgiler sunmakta olup, KLA'nın tanı, tedavi ve kontrol uygulamalarının geliştirilmesine yönelik bilimsel temel oluşturmaktadır. |
| İlgilizce Özet | This study aimed to isolate, identify, perform molecular characterization, and determine the antibiotic susceptibility of Corynebacterium pseudotuberculosis from abscess samples obtained from sheep with caseous lymphadenitis (CLA) in Kars Province. Out of a total of 105 abscess samples collected from 18 villages and 96 farms in the central district of Kars and five surrounding districts, 95 (90.48%) yielded positive culture results, and 70 (66.67%) were identified as C. pseudotuberculosis based on phenotypic tests (microscopic morphology, catalase, urease, nitrate reduction, and reverse CAMP tests). Multiplex PCR targeting the 16S rRNA, pld, and rpoB genes confirmed 47 (67.14%) of these isolates as C. pseudotuberculosis. Consequently, the molecular prevalence of C. pseudotuberculosis in CLA cases was determined to be 44.76% (47/105). Biovar determination using narG-specific PCR analysis revealed the absence of this gene in all isolates (n = 47), classifying them as C. pseudotuberculosis biovar ovis. Among the field isolates, the virulence genes FagA, FagB, and FagC were detected in 100% of isolates, FagD in 48.94%, and PIP in 25.53%. Antibiotic susceptibility testing by disk diffusion method revealed low resistance rates to rifampicin (6.38%) and tetracycline (6.38%), whereas minimum inhibitory concentration (MIC) analysis by E-test detected resistance to both penicillin and rifampicin in only one isolate. For molecular characterization, 16S rRNA gene sequence analysis was performed on 10 isolates selected from different sheep farms, and phylogenetic analysis confirmed that all isolates belonged to the C. pseudotuberculosis species complex. The isolates showed 97.45–99.85% similarity to reference strains in international databases. These findings provide important insights into the genetic and phenotypic diversity of C. pseudotuberculosis strains obtained from CLA cases in sheep in Kars Province and establish a scientific basis for improving diagnostic, treatment, and control strategies for CLA. |
